Ngày 31/8/1858 thực dân Pháp tấn công Đà Nẵng mở đầu cuộc chiến tranh xâm lược đặt ách thống trị thuộc địa lên đất nước Việt Nam. Trong gần 100 năm nhân dân Việt Nam đã anh dũng tiến hành cuộc kháng chiến giải phóng dân tộc giành độc lập tự do cho Tổ quốc. Ngày 2/9/1945, sau thắng lợi của Cách mạng Tháng Tám, Chủ tịch Hồ Chí Minh đọc Tuyên ngôn Độc lập, chấm dứt ách đô hộ của thực dân Pháp, khẳng định quyền độc lập tự do của nhân dân Việt Nam. Nhưng thực dân Pháp và sau đó là đế quốc Mỹ tiếp tục tiến hành chiến tranh xâm lược, âm mưu khôi phục ách thống trị và thiết lập chế độ thực dân kiểu mới ở Việt Nam. Trong suốt 30 năm, nhân dân Việt Nam lại phải kiên cường chiến đấu với biết bao hy sinh gian khổ để bảo vệ nền độc lập tự do của mình. 

     Ngày 30/4/1975, cuộc kháng chiến của nhân dân Việt Nam giành thắng lợi hoàn toàn: hòa bình, độc lập, chủ quyền và toàn vẹn lãnh thổ của Tổ quốc được khôi phục.

     Để lưu lại những chứng tích anh hùng của nhân dân Việt Nam trong cuộc đấu tranh chống các thế lực xâm lược, đồng thời để tố cáo những tội ác và nêu bật những hậu quả tàn khốc của cuộc chiến tranh xâm lược, ngày 04/9/1975 Nhà Trưng bày tội ác Mỹ - Ngụy được mở cửa phục vụ công chúng. Sau đó, Nhà Trưng bày tội ác Mỹ - Ngụy được đổi tên thành Nhà Trưng bày Tội ác Chiến tranh xâm lược (ngày 10/11/1990) trước khi trở thành Bảo tàng Chứng tích Chiến tranh (ngày 4/7/1995).

 

     Hiện nay Bảo tàng Chứng tích Chiến tranh là đơn vị trực thuộc Sở Văn hóa và Thể thao Thành phố Hồ Chí Minh. Nằm trong hệ thống các bảo tàng Việt Nam, các bảo tàng vì hòa bình thế giới và là thành viên của Hội đồng các bảo tàng thế giới (ICOM). Bảo tàng Chứng tích Chiến tranh là Bảo tàng chuyên đề nghiên cứu, sưu tầm, lưu trữ, bảo quản và trưng bày những tư liệu, hình ảnh, hiện vật về những chứng tích tội ác và hậu quả của các cuộc chiến tranh mà các thế lực xâm lược đã gây ra đối với Việt Nam. Qua đó, Bảo tàng giáo dục công chúng, đặc biệt là thế hệ trẻ, về tinh thần đấu tranh bảo vệ độc lập tự do của Tổ quốc, về ý thức chống chiến tranh xâm lược, bảo vệ hòa bình và tinh thần đoàn kết hữu nghị giữa các dân tộc trên thế giới. 

     Bảo tàng lưu giữ hơn 20.000 tài liệu, hiện vật và phim ảnh, trong đó hơn 1.500 tài liệu, hiện vật, phim ảnh đã được đưa vào giới thiệu ở 8 chuyên đề trưng bày thường xuyên. Trong 35 năm hoạt động, Bảo tàng đã đón tiếp trên 15 triệu lượt khách tham quan trong và ngoài nước. Hiện nay với khoảng 500.000 lượt khách tham quan mỗi năm, Bảo tàng Chứng tích Chiến tranh là một trong những địa chỉ văn hóa du lịch có sức thu hút cao, được sự tín nhiệm của công chúng trong và ngoài nước.

     Với những thành quả đạt được, Bảo tàng Chứng tích Chiến tranh đã được Nhà nước tặng thưởng Huân chương Lao động hạng 3 (năm 1995), Huân chương Lao động hạng 2 (năm 2001).

     Từ năm 2002, Bảo tàng Chứng tích Chiến tranh được đầu tư xây dựng mới nhằm hiện đại hóa toàn diện hoạt động. Ngày 30/4/2010, đã hoàn thành công trình xây dựng. Hiện nay đang xây dựng nội dung trưng bày mới, mở rộng ra cả thời kỳ xâm lược của Pháp – Nhật và thời kỳ sau chiến tranh.