Bảo tàng Yên Bái tiền thân là Bảo tàng tỉnh Hoàng Liên Sơn, ra đời năm 1978, nhiệm vụ chủ yếu là sưu tầm, gìn giữ những tài liệu, hiện vật dân tộc học tiêu biểu, hiện vật các thời kỳ Tiền sử - Sơ sử; phong kiến; cách mạng, kháng chiến và công cuộc xây dựng chủ nghĩa xã hội của đồng bào các dân tộc tỉnh Hoàng Liên Sơn.

Năm 1991, cùng với việc chia tách tỉnh Hoàng Liên Sơn thành hai tỉnh Yên Bái và Lào Cai. Bảo tàng Yên Bái chính thức được thành lập, là bảo tàng thuộc loại hình bảo tàng khảo cứu địa phương với chức năng chính là cơ quan nghiên cứu khoa học và phổ biến kiến thức khoa học; có nhiệm vụ nghiên cứu, sưu tầm, bảo quản, trưng bày những mẫu thiên nhiên, quản lý di tích xã hội của địa phương, đến năm 2018 được kiện toàn theo quyết định số 125/QĐ-VHTTDL ngày 31/5/2018 của Giám đốc Sở Văn hóa, Thể thao và Du lịch tỉnh Yên Bái về quy định chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức của Bảo tàng tỉnh.

a) Về trưng bày thường xuyên: Bảo tàng luôn quan tâm, chú trọng công tác Trưng bày - Tuyên truyền, trong nội dung và thiết kế Nhà Bảo tàng tỉnh có 05 chủ đề trưng bày: Địa lý - Tự nhiên; Cộng đồng các dân tiộc; Tiền sử - Sơ sử; Thời kỳ phong kiến tự chủ; Thời kỳ Cận - Hiện đại.

* Chủ đề 1: Địa lý - Tự nhiên

Phòng trưng bày được bố trí trưng bày tại tầng 1, tập trung giới thiệu những nét khái quát về đặc điểm vị trí, địa lý, lịch sử hình thành, địa hình, địa chất, thổ nhưỡng, khí hậu, tiềm năng về tài nguyên, sự phong phú đa dạng về hệ động vật, thực vật, sự biến động về lịch sử địa giới hành chính của tỉnh. Đồng thời giới thiệu khái quát đặc trưng, thế mạnh của địa phương, các nguồn lực phát triển và những đặc thù làm nên bản sắc của đất và người Yên Bái.

Nội dung trưng bày gồm có 04 tiểu đề như sau:

- Tiểu đề 1: Địa lý hành chính tỉnh Yên Bái qua các thời kỳ

- Tiểu đề 2: Đa dạng sinh học

- Tiểu đề 3: Tài nguyên và khoáng sản

- Tiểu đề 4: Di tích - Danh thắng

* Chủ đề 2: Cộng đồng các dân tộc Yên Bái

Phòng trưng bày được bố trí trưng bày tại tầng 2, tập trung giới thiệu những nét khái quát về dân tộc với nền văn hóa đặc trưng, phong phú và giàu bản sắc văn hóa. Với nhiều hiện vật, tổ hợp hiện vật, tài liệu khoa học phụ và các giải pháp công nghệ, ánh sáng tiên tiến, phần trưng bày sẽ tập trung giới thiệu khái quát về đời sống, văn hóa và tinh thần của cộng đồng các dân tộc trên địa bàn tỉnh Yên Bái.

Nội dung trưng bày gồm: 5 tiểu đề

- Tiểu đề1: Mưu sinh

- Tiểu đề 2: Làng bản và đời sống gia đình

- Tiểu đề 3: Chu kỳ đời người

- Tiểu đề 4: Tín ngưỡng - tôn giáo

* Chủ đề 3: Thời Tiền sử - Sơ sử

Chủ đề Tiền sử-Sơ sử được bố trí trưng bày ở phòng đầu tiên của tầng 2 theo tuyến tham quan Bảo tàng. Phòng có diện tích 240m2, giới thiệu những nét cơ bản về lịch sử thời kỳ đồ đá tới thời kỳ nhà nước sơ khai tại Yên Bái.

Nội dung trưng bày gồm: 2 tiểu đề

- Tiểu đề 1: Thời Tiền sử

- Tiểu đề 2: Thời Sơ sử

* Chủ đề 4: Thời kỳ phong kiến tự chủ (thế kỷ XI-XIX)

Chủ đề phong kiến được trưng bày tại phòng có diện tích 240m2. Tập trung giới thiệu về đời sống, văn hóa và xã hội thời kỳ phong kiến tại Yên Bái, nổi bật là thời kỳ Lý-Trần và Lê-Nguyễn.

Nội dung trưng bày: Gồm 2 tiểu đề

- Tiểu đề 1: Triều đại Lý - Trần (thế kỷ XI-XIV)

- Tiểu đề 2: Triều đại Lê - Nguyễn (thế kỷ XV-XIX)

* Chủ đề 5: Thời kỳ Cận - Hiện đại

Chủ đề Thời kỳ Cận - Hiện đại trưng bày giới thiệu khái quát về tiến trình lịch sử tỉnh Yên Bái từ thời kỳ thực dân Pháp xâm lược và đặt ách thống trị tại Việt Nam, các phong trào cách mạng, cách mạng tháng tám năm 1945; kháng chiến, kiến quốc (1945-1954), thực hiện hai nhiệm vụ chiến lược cách mạng là xây dựng CNXH và đấu tranh giải phóng dân tộc (1954-1975); thực hiện hai nhiệm vụ chiến lược xây dựng và bảo vệ Tổ quốc, thực hiện công cuộc đổi mới đất nước (1975-1991).

Nội dung trưng bày: 5 tiểu đề, cụ thể:

- Tiêu đề 1: Yên Bái trước năm 1945

- Tiêu đề 2: Cách mạng tháng8/1945 và kháng chiến chống Pháp (1945-1954)

- Tiểu đề 3: Xây dựng chủ nghĩa xã hội và kháng chiến chống Mỹ (1954-1975)

- Tiểu đề 4: Yên Bái trong tỉnh Hoàng Liên Sơn (1976-1991)

- Tiểu đề 5: Yên Bái, hội nhập và phát triển (1991- nay)

b) Về trưng bày chuyên đề: Được bố trí tại phòng có diện tích 240m2 tại không gian tầng 1 nhà trưng bày, nội dung trưng bày chuyên đề hoặc triển lãm, bổ sung, làm sâu sắc thêm những chủ đề, nội dung được đưa ra trong trưng bày thường xuyên, hoặc phát triển các chủ đề nhằm giới thiệu di sản văn hóa của địa phương.

c) Trưng bày Ngoài trời:

Xây dựng một số mô hình về kiến trúc nhà Thái đen, vùng Mường Lò- Nghĩa Lộ, máy bay MIC17, MIC 21, cọn nước-cối giã gạo bằng nước, không gian tổ chức lễ hội, biểu diễn, nghề thủ công, trò chơi dân gian...để tìm hiểu, trải nghiệm, khám phá di sản văn hóa-du lịch Yên Bái.