Phần mở đầu: ( Phòng khánh tiết):
Trưng bày khái quát thông qua những hình ảnh tư, liệu hiện vật thể hiện sự quan tâm của Đảng, Bác với Bộ đội Đặc công và phần thưởng cao quí của Đảng, Nhà nước, Quân đội tặng thưởng Binh chủng từ khi thành lập đến nay
Phần trưng bày chính: Với diện tích 1.400m2 trên 3 tầng với 10 chủ đề :
Tầng 1 với giải pháp trưng bày theo niên biểu và sự kiện gồm các chủ đề:
Chủ đề 1: Nguồn góc cách đánh Đặc công:
Ở phần này bằng một tổ hợp mỹ thuật mô phỏng lại 3 trận đánh, cách đánh của cha ông ta mang đậm dáng dấp của cách đánh Đặc công đó là trận đánh địch trên sông Bạch Đằng của Yết Kiêu, thời trần thế kỷ 13, trận đánh thành Tam Giang của Trần Nguyên Hãn thế kỷ thứ 15 và cách đánh của Quang Trung, Nguyễn Huệ thế kỷ thứ 18.
Chủ đề 2: Bộ đội Đặc Công trước ngày thành lập Binh chủng:
Phần này giới thiệu truyền thống của QĐND Việt Nam, các trận đánh tiêu biểu của bộ đội Đặc công trong cuộc kháng chiến chống thực dân Pháp và những năm đầu của cuộc kháng chiến chống Mỹ.
Chủ đề 3: Sự kiện thành lập Binh chủng:
Trưng bày hình ảnh, hiện vật trong ngày công bố thành lập Binh chủng Đặc công tại trường Cán bộ Dân tộc Trung ương ở xã Phùng Khoang, huyện Từ Liêm, TP Hà nội (nay là Học viện Chính trị - Hành chính Khu vực I phường Thanh Xuân Bắc, quận Thanh Xuân, TP Hà nội) và toàn văn bài huấn thị của Chủ Tịch Hồ Chí Minh trong ngày công bố chính thức thành lập Binh chủng 19/3/1967.
Chủ đề 4: Bộ đội Đặc công trong giai đoạn 1967-1968 và tham gia cuộc Tổng tiến công và nổi dậy Mậu thân năm 1968.
Ở phần này trưng bày hình ảnh, hiện vật, tư liệu tiêu biểu thể hiện sự trưởng thành của Bộ đội Đặc công và những thành tích của lực lượng Đặc công trong cuộc Tổng tiến công và nổi dậy Mậu thân năm 1968.
Tầng 2: Với giải pháp trưng bày theo chuyên đề và biên niên từ năm 1969 – 1975 gồm:
Chuyên đề Đặc công Bộ
Chuyên đề Đặc công Nước
Chuyên đề Đặc công Biệt Động
Các chuyên đề này trưng bày một cách cô đọng, xúc tích những hình ảnh, hiện vật ở các trận đánh tiêu biểu của 3 lực lư-ợng Đặc công trong giai đoạn kháng chiến chống Mỹ từ năm 1969 – 1974
Chủ đề 5 :Đặc công làm nhiệm vụ Quốc Tế:
Trưng bày những hình ảnh, hiện vật của Bộ đội Đặc công tham gia nhiệm vụ Quốc tế tại hai nước Lào và Cam pu chia
Chủ đề 6: Đặc công trong chiến dịch 1975:
Gồm các hình ảnh, hiện vật, tư liệu về Bộ đội Đặc công tham gia chiến dịch Tây Nguyên, chiến dịch giải phóng các tỉnh duyên hải miền Trung và quần đảo trường Sa và chiến dịch Hồ Chí Minh.
Phần trung tâm của tầng 2 là những nhận xét, đánh giá của Đảng, Nhà nớc, Quân đội và bạn bè Quốc tế đối với Binh chủng. Bên cạnh đó trưng bày chân dung lãnh đạo chỉ huy qua các thời kỳ, chân dung Anh hùng lực lượng vũ trang nhân dân và thành tích tổng hợp của Bộ đội Đặc công.
Tầng 3: Trưng bày hoạt động của bộ đội Đặc công từ năm 1976 đến nay gồm :
Chủ đề 7: Bộ đội Đặc công tham gia chiến đấu bảo vệ Biên giới Tây Nam của Tổ quốc.
Chủ đề 8: Công tác huấn luyện, đào tạo của bộ đội đặc công:
Phần này trng bày công tác huấn luyện, đào tạo của Binh chủng Đặc công trong nước cũng như huấn luyện, đào tạo giúp bạn bè Quốc tế và bộ sưu tập học cụ dùng trong huấn luyện và trong chiến đấu của 3 lực lượng Đặc công.
Chủ đề 9: Những nghiên cứu về cải tiến trang bị, vũ khí, khí tài cho 3 lực lương đặc công trong chiến đấu và huấn luyện bộ đội.
Chủ đề 10: Công tác dân vận các hoạt động văn hóa thể thao và các mặt hoạt động khác của Binh chủng.