Bảotàng Bắc Ninh chưa trưng bày cố định. Hàng năm chỉ trưng bày các chuyên đề phản phản ánh về lịch sử Văn hóa của quê hương Bắc Ninh như: Thân thế sự nghiệp đồng chí Ngô Gia Tự, Nguyễn Văn Cừ, Hoàng Quốc Việt; Di sản Văn hóa Quan họ; Truyền thống khoa bảng tỉnh Bắc Ninh; Quê hương nhà Lý và chiến thắng Như Nguyệt; Sáng mãi tấm gương người chiến sĩ cách mạng Bắc Ninh bị địch bắt tù đày; Cổ vật tiêu biểu tỉnh Bắc Ninh....