Phú Yên là vùng đất có bề dày lịch sử, đến này còn lưu giữ được nhiều văn hóa Vật thể và Phi Vật thể vô cùng quý giá của cộng đồng các dân tộc sinh sống từ lâu đời trên vùng đất này. Qua công tác sưu tầm và những cuộc khai quật khảo cổ, Bảo tàng Phú Yên đang lưu giữ các sưu tập hiện vật về thời kỳ tiền-sơ sử, về nghệ thuật kiến trúc, điêu khắc ChămPa; các bộ sưu tập hiện vật tài liệu về giai đoạn cách mạng và kháng chiến hào hùng của Đảng bộ và nhân dân Phú Yên; những hiện vật dân tộc học phản ánh về đời sống vật chất và tinh thân phong phú của các dân tộc tỉnh Phú Yên.